Le coup d’État de 2009 a affaibli encore davantage les institutions nationales et locales et laissé le champ libre à la corruption. Le système pénal a particulièrement pâti pendant la période de transition. Son manque d’indépendance par rapport à l’exécutif – son exposition aux intérêts politiques et à la corruption – les retards dans l’administration de la justice et le manque de ressources, de personnel et de formations adaptées font partie des défaillances les plus préoccupantes.
Les défaillances en matière de gouvernance demeurent un problème à tous les niveaux des institutions malgaches. Cette fragilité « est enracinée dans la centralisation excessive du pouvoir, la responsabilisation insuffisante et une société civile très politisée et urbaine ». En 2017, le Comité des droits de l’homme des Nations Unies a fait part de ses préoccupations concernant le manque d’indépendance de la justice. La population malgache considère généralement que le système pénal est corrompu, déficient et insuffisamment
indépendant de l’exécutif et des autres pouvoirs. Ce manque de confiance de la population envers le système judiciaire semble même s’être dégradé ces dernières années.
. En 2017, le FMI a signalé que « les décisions de justice sont si incohérentes et mal fondées que de nombreuses parties prenantes ont perdu confiance. »
Ce manque de confiance incite la population à avoir recours au dina, un mécanisme de justice traditionnel moins formel. Malgré les efforts du gouvernement pour contrôler cette institution, l’existence des juridictions dina soulève de vives inquiétudes quant aux principes d’équité de la justice
.Conséquence de l’échec du système pénal, la population cherche souvent à faire justice elle-même et les lynchages ne sont pas rares.
En mai 2018, un sondage mené par l’Afrobaromètre International a révélé que 41 % des Malgaches sont d’accord ou tout à fait d’accord avec la pratique de la vindicte populaire. L’enquête a en outre observé une multiplication de cette pratique, en particulier en milieu rural. En septembre 2018, le Haut-Commissariat des Nations Unies aux droits de l’homme a déclaré que le phénomène de justice populaire a atteint un niveau plus préoccupant que jamais, et que sa pratique est devenue banalisée dans la plupart des régions du pays :
entre le 1 er Juillet 2016 et le 31 Aout 2018, elle a engendré la mort de 152 personnes
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